Một số điều kiện cần được xem xét trong việc chẩn đoán phân biệt khi đánh giá các bệnh nhân bị tái phát aphthae

Điều cơ bản là aphthae lành tính có xu hướng các vết loét nhỏ và thường xuyên hơn, tự giới hạn, tự lành khi so sánh với các bệnh nghiêm trọng hơn ví dụ như: suy giảm miễn dịch virus (HIV); bác sĩ nên cân nhắc việc thử nghiệm HIV ở những aphthae lớn và chậm chậm khỏi.

- Cần chẩn đoán phân biệt giữa loét Aphthous với herpes:Khi nhuộm Tzank, tiêu bản từ một tổn thương herpetic sẽ bao gồm các tế bào khổng lồ, các treponemal,virus, vi khuẩn và nấm. Sinh thiết đơn độc hoặc kết hợp với các nguồn khác của tổn thương hoặc thử nghiệm máu có thể hỗ trợ trong phân biệt tác nhân gây bệnh.

- Bệnh tự miễn dịchMột số bệnh tự miễn dịch có thể bắt chước viêm loét aphthous lành tính. Behçet của hội chứng là một vasculitis tự miễn dịch gây ra tái phát loét miệng và bộ phận sinh dục, uveitis (viêm màng bồ đào) và retinitis(loét sinh dục). aphthae và Behçet có thể cùng tồn tại trên một cơ thể bệnh. Hội chứng Behçet có thể chiếm khoảng 43 – 100% bệnh nhân bị tái phát loétaphthous.

- Hội chứng Reiter liên kết với vết loét miệng, uveitis, viêm kết mạc và viêm khớp HLA B27 dương tính sau Hoa urethritis hoặc bacillary dysentery.- Bệnh Crohn, có thể kết hợp loét miệng, Lupus ban đỏ, bullous pemphigoid và pemphigusvulgaris. Trong tất cả những điều kiện này, các triệu chứng liên quan nên được xem xét để chẩn đoán phân biệt với aphthae lành tính, thường xuyên.- Apthae với ung thư vùng miệngCần được xem xét khi thường xuyên viêm loét hoặc chậm lành, sinh thiết hoặc phẫu thuật sinh thiết có thể giúp làm rõ điều này khác biệt này.